Publications

• 織田遥向. 遺伝子発現データと病理組織画像を例とした医学データ解析手法. Accepted in JSBi Bioinformatics Review.
• Haruhisa Oda. Topology enhances classical figure detection. 2025 5th International Conference on Electrical, Computer and Energy Technologies (ICECET), Paris, France, 2025. doi: 10.1109/ICECET63943.2025.11472121.
• Haruhisa Oda, Yusuke Imoto. Persistent homology-based segmentation tool for membrane images. Cell Reports Methods (2026) doi:10.1016/j.crmeth.2026.101366
• Haruhisa Oda. Time series object detection with periodic boundary persistent homology. 2025 IEEE International Conference on Industrial Engineering and Engineering Management (IEEM), Melbourne, Australia (2025) 0293-0297. doi: 10.1109/IEEM63636.2025.11357658.
• Haruhisa Oda, Vanessa Robins, and Donato Vicendese. Seeing the Unseen: Quantifying 3D Airway Branching from Lung CT Scans. European Respiratory Journal 66(suppl 69) (2025) PA4163.
• 織田遥向. 生命のかたちを捉えるデータ解析--トポロジカルデータ解析. 医学のあゆみ 2024年7月
• Haruhisa Oda. Persistent homological 3D cell detection. JSIAM Letters 16 (2024) 25-28. https://doi.org/10.14495/jsiaml.16.25
• Haruhisa Oda, Kazuo Tonami, Yoichi Nakata, Naoko Takubo, and Hiroki Kurihara. Persistent homological cell tracking technology. Scientific Reports 13 (2023) 10882. https://doi.org/10.1038/s41598-023-37760-3 (Direct link to text: https://rdcu.be/df6rI)
• Haruhisa Oda. Counting and detecting figures using persistent homology. JSIAM Letters 15 (2023) 33-36. https://doi.org/10.14495/jsiaml.15.33

Preprints

• A novel measure of time series data pattern based on persistent homology that can detect the trend change of the daily all-cause mortality in Tokyo after the temperature rise. Preprint at In Review (Research Square).
• Novel definition and quantitative analysis of branch structure with topological data analysis. Preprint at arXiv2402.07436

Presentations

Upcoming

• TBD. BMB2026. Dec 2026.
• TBD. IMAB2026. Dec 2026.

Past

• Pathology patch image analysis with foundation models and topological data analysis. 第5回石川研・松島研研究交流会. Mar 2026.
• Pathology image analysis with topological data analysis and foundation models. 日本応用数理学会研究部会連合発表会. Mar 2026.
• Medical data through the lens of topology. AIP Challenge Result Presentation Meeting. Mar 2026.
• Time series objecet detection with periodic boundary persistent homology. IEEE International Conference on Industrial Engineering and Engineering Management. Dec 2025.
• Topology and Biomedicine: The Future of Fusion Research. 第48回日本分子生物学会年会 ミニシンポジウム Future of mathematical data science driven biomedical research. Dec 2025.
• 臨床画像解析への数理的アプローチ. 第1回数理科学と生命科学の交流会. Oct 2025.
• Seeing the Unseen: Quantifying 3D airway branching from lung CT scans. The ERS Congress 2025.
• Computational Pathology with Topological Data Analysis. 第84回日本癌学会学術総会. Sep 2025.
• Persistent homology tool for branch structure analysis. 日本応用数理学会年会. Sep 2025.
• Topology enhances classical figure detection. 5th International Conference on Electrical, Computer and Energy Technologies (ICECET 2025). Jul 2025.
• パーシステントホモロジー(PH)による図形検出の拡張. 日本応用数理学会研究部会連合発表会. Mar 2025.
• TDA As Image Analysis Tool (TAIAT) Project: "Usable" TDA for bioresearch. 第47回日本分子生物学会年会. Nov 2024.
• TDAに基づく胚細胞膜画像のセグメンテーションおよびトラッキング技術. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
• 周期境界パーシステントホモロジーと時系列データ物体検出. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
• 画像解析ツールとしてのTDA. 日本応用数理学会年会. Sep 2024.
• 2D & 3D segmentation of embryo membrane images using persistent homology. Seminar at ASHBi. May 2024.
• Topology & Medicine. Seminar at ASHBi. April 2024.
• TDAに基づく医学データ解析ツール開発. 日本応用数理学会第20回研究部会連合発表会 位相的データ解析研究部会. 2024年3月.
• 医学データのかたち:トポロジカルデータ解析. 東大リトリート 有馬聡記念フェローシップ受賞記念講演. 2024年2月.
• 医学データのかたち:トポロジカルデータ解析. 東大リトリート ポスター発表. 2024年2月.
• A novel method for vessel analysis based on topological data analysis. 第31回日本血管生物医学会学術集会 YIAセッション. 2023年12月.
• トポロジカルデータ解析：生命科学データ解析の新領域（Topological data Analysis: the new field of biological data analysis）. 第46回日本分子生物学会年会 ポスター発表. 2023年12月
• トポロジカルデータ解析：生命科学データ解析の新領域（Topological data Analysis: the new field of biological data analysis）. 第46回日本分子生物学会年会 公募シンポジウム 「分子生物学のためのロボット生物学」. 2023年12月
• Persistent homological cell tracking technology. Department Seminar. September 2023.
• Persistent homological figure detection technology and the latest status of its applications. ICIAM 2023 Tokyo. August 2023.
• Medical image analysis with persistence diagram and generalized persistence landscape. TDA week 2023. July 2023. TDA week 2023
• パーシステントホモロジーによる図形検出技術の応用（顕微鏡画像を中心として）. 日本応用数理学会第19回研究部会連合発表会 位相的データ解析研究部会. 2023年3月.
• パーシステントホモロジーによる図形の数え上げ. 日本応用数理学会 若手の会 第7回学生研究発表会. 2022年3月.